アプリ開発デベロッパーが複数のアプリを作成・登録し、同じ加盟店ユーザーが複数のアプリを利用した場合、アプリ単位で明細を確認することはできますか？

はい、できます。

stera marketの明細管理機能では、同一企業IDでご登録されたアプリについては、同じ売上明細書内に表示されます。売上明細書のサンプルをマニュアルに掲載しておりますのでご確認ください。